伊斯兰教传入中国后，教内在很长时间内没有发生分裂。明末清初以前，除塔吉克族信仰什叶派和极少数维吾尔族人信仰十二伊玛目派外，其他都属于逊尼派。就教法而言，除了新疆有少数人遵循沙斐仪教法学派外，都遵循哈乃斐教法学派，反对标新立异，对其他教派持宽容态度。

长期以来，中国伊斯兰教中实行的是教坊制，也就是以一座清真寺为中心，将少则几户、多则几百户的穆斯林聚集在一起，组成自成一体的宗教组织单位。一坊内穆斯林共同聘请教职人员，主持坊内宗教事务，并同在一个清真寺礼拜。


明末清初以后，随着苏非主义的传入，在中国西北地区出现门宦制度。所谓门宦制度，实际上是一种扩大了的教坊制。各门宦的首领或教主被神化为教徒与安拉接近的媒介，在门宦内的地位至高无上，集教主、圣徒、地主于一身。教主归真后，要在其墓地修建拱北（即圣母）。教徒在"拱北"前念经、静坐参悟等成了各门宦的主要功课。

门宦内部等级森严，教主的职务由其子孙世袭。随着门宦制度的出现，各自独立的大小派别也相继出现，并迅速得到发展，教派与门宦以及各门宦之间的对立现象也日趋严重。

中国伊斯兰教的派别主要有格底木、伊赫瓦尼和西道堂三大教派。


格底木派是中国伊斯兰教中流传最早、传播比较广泛的派别。因为强调尊崇古老宗教和文化传统，故用阿拉伯文"古老"一词"格底木"（Qadim）自称。格底木属于逊尼派，在教法上遵循哈乃斐派。以《古兰经》为其宗教思想基础，严格遵守五功和六大信仰。在教务管理上，实行互不隶属的单一教坊制；采取教长（或阿訇）聘请制和伊玛目、海推布、穆安津"三掌教制"。

受聘教长为坊内最高宗教领袖。海推布协助教长主持各项宗教活动，穆安津则专司宣礼，按时召唤教众进行礼拜。因受到儒家思想的影响，对其他教派、教法学派均表示尊重，持宽容态度；对中国社会流行的各种宗教也能和平相处。它自成一家，成为中国伊斯兰教的主流派别。它把苏非的道乘修持看成"副功"，不崇拜圣徒和圣墓，但也不断然反对，在礼仪制度上受汉族习俗的影响很大。但这也成为后来出现的新派予以抨击，并与之争夺教众的原因之一。

伊赫瓦尼意为兄弟。于19世纪末由东乡族阿訇马万福等创立，最初以"革新者"姿态在甘肃临夏一带传教。因主张革新，教义简明，信众日增。到20世纪40年代，已在甘肃、青海、宁夏确立起优势地位，并在河南、山东、河北、新疆等地得到传播，成为一个影响较大的教派。该派实行互不隶属的教坊制，内部没有统一组织，也没有共同的宗教首领。

强调一切回到《古兰经》，要求革除一切与经、训相悖的礼仪。不提倡苏非主义的修持方式。反对朝拜拱北（即圣墓），反对崇拜教主，公开号召"打倒门宦，推翻拱北"。反对宗教职业者利用诵经等活动获取报酬或从中牟利。要求诵读《古兰经》时严格按照阿拉伯语音。

西道堂，清末民初由马启西（1856-1914年）创建于甘肃省临潭县。马启西1901年在家乡设帐讲学，称"凤山金星堂"，主要讲授汉文伊斯兰教译著，并特别看重刘智的著述，宣扬性命之理、五功之要。不久即正式设立道堂，1909年更名为"西道堂"。马启西主张简化宗教仪式，减轻穆斯林宗教负担，不可强制儿童念经，因而得到穆斯林支持，发展很快。


在宗教上，"以本国文化发扬清真教学理"，故又有"汉学派"之称。西道堂的教权结构具有门宦的特点，实行教主集权，但教主不世袭。虽然特别重视教主的生日、忌日，却不为教主修建拱北。西道堂不同于一般门宦之处在于它还是一个社会经济团体，倡导实业办教，重视经营商业，以道堂名义集教众家资，兴办商号。